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Imaris 11.0 重磅发布

Imaris 11 推出了全新的图像分析方式 —— “工作流” 功能。这是一套分步式系统性解决方案,旨在简化分析流程、提升操作效率,同时支持批量处理与方案共享。本次更新聚焦提升新老用户的使用体验,进一步强化自动化、结果可重复性与协作功能。

优势

在 Imaris 内创建分析流程方案:用户如今可直接在 Imaris Surpass 中创建完整的图像分析方案。

可批量的工作流:工作流程支持自动化处理,包括手动步骤,使其具备高度灵活性。

工作流程的导出与导入:可跨用户或数据集共享分析工作流,以促进协作与结果可重复性。

简单易上手:预定义工作流程让新用户更易上手开展分析。

新功能

  • 分步式分析:工作流提供结构化分步图像分析方法,在创建完整 Imaris 分析场景的同时,保持可视化调整不变。
  • 工作流的导出与导入:支持跨数据集导出/导入工作流,实现无缝共享,确保结果可重复性。
  • 批量适配工作流程:工作流可作为简单或复杂的批量处理方案使用,兼容全自动步骤和手动操作步骤,为多数据集提供灵活的解决方案。

用户可通过自动或手动创建的 Surfaces定义感兴趣区域,精准检测特定感兴趣区域内Spots、Filaments、Cells及其他结构。该功能通过将检测范围限定在特定区域来实现针对性分析,从而提升准确性与效率。

常使用 Imaris 的 Spots 或 Surfaces使用Mask功能创建感兴趣的通道(即删除外部的信号,或删除内部的信号)。从 Imaris 11.0版本开始,该功能已完全集成到工作流和批量处理中(图像编辑选项),允许用户在多个数据集中自动执行带Mask的通道创建操作。

优势

  • 自动化完成Mask通道创建,大幅简化工作流程
  • 精准聚焦特定区域或特征,实现靶向分析与可视化
  • 提升多数据集分析效率,加速科研与检测进程

新引入了一款机器学习,以增强Spots和Surfaces的检测与分类。该功能允许用户借助基于机器学习的高级筛选方法,提高对象识别和分割的准确性。

现支持仅导出选定的统计数据值,并以表格形式呈现。这使得下游数据分析更加高效。这种针对性导出功能简化了外部统计工具的数据处理流程,助力Imaris用户实现高效科研。

工作流现在支持在批量处理中嵌入手动步骤,实现自动化与手动精准调整的完美结合。例如:

  • 可以先手动编辑对象(Spot、Surface、Filament、Cell),后续步骤自动执行追踪操作。
  • 在批量运行过程中,系统会提示用户完成每个数据集的手动步骤,之后批量处理将继续自动进行。

Imaris 11.0 引入了使用快照在数据集中保存多个"视图"的功能。通过这种方式,研究人员能够在单个数据集中永久保存多个关键视角。该版本还支持为单个数据集创建多个关键帧动画,从而节省重建视觉故事的时间。

  • 在Imaris 11.0中,Snapshot现已全面融入工作流体系,可自动存储通道颜色和显示调整(Display Adjustment)的设置参数。
  • 用户可轻松在多个数据集中应用相同的配色方案。
  • 快照会在批量工作流结束时自动添加,用于快速质量控制,便于对处理结果进行快速的可视化检查。

Imaris Cell 现在支持将预先创建的对象作为已定义工作流的一部分进行自动导入。此操作完全支持批量处理,可简化重复性任务的分析流程。

一维和二维Vantage图表全新升级比较分析选项,支持用户跨实验组、跨数据集对比分析结果。为挖掘数据趋势、识别数据差异提供强大工具,助力科研决策更高效。

Imaris 11 恢复了 9.9 版本中的树突脊直径计算方法,该方法与 10.0版本的方法一起,为用户提供了两种自动拟合分析的选项。这一功能带来了灵活性,使用户能够选择最适合其数据和分析需求的方法。

Imaris 11 精心打造清晰易用且支持批处理的工作流,助力用户大幅提升研究的再现性、协作顺畅度与分析效率。无论您是刚入门的新手用户,还是经验丰富的资深从业者,本次版本升级所搭载的实用工具,都能助力您的图像分析工作迈上新台阶。

自 Imaris 10.2 版本以来已修复的 35 个漏洞清单:

Bug Number Bug Description
11763 Summary tab in Vantage for Objects View should also be available when box plots are not switched on
13282 Enable batch import surfaces/spots to a Cell object
13359 Imaris files can not be loaded into Imaris Stitcher hangs at 95% - no error message
13407 Batch function can't treat subfolder dataset on v9.9 (991,990)
13521 Manually added seed points are not visualized in the classification step
13559 Spine diameter calculation in the FilamentTracer wizard does not yield good results
13560 Importing 3D TIFF segmentation as a Time lapse
13664 Label Colors are not saved in batch processing parameters, each image has it own Label color palette
13739 Manipulator can not be selected in Batch Pipeline Editor with ML segmentation
13781 Control Contour Line Color for 2D Images
13801 Export of Statistics very slow when multiple datasets are included
13810 Camera view setting to Orthogonal is not saved in the IMS file in Imaris 10.1.1
13831 Track ID Color for Filament Does Not Work
13835 Error 'Could not load scene. out of memory' when loading specific datasets with ML generated Surfaces
13843 For Surfaces imported into Cells the Area is 0 for 2D dataset
13873 Using Creation Parameters with ML Pixel Classification does not work if a ROI was used during training
13880 Files containing many characters in the naming and who have multiple batch results, show Error message upon exporting All statistics
13881 Spots and tracks created by Batch have visualization issues
13882 Pixel classification seed points falling outside of the ROI when you have multiple ROIs
13882 Surface creation in timelapse using ROIs and pixel classification are broken
13908 Reference Frame drift correction not considered for tracking
13936 Label images are not correctly imported
13938 Surface Visualization artifacts in 3D at low zoom and during rotation
13949 Distance Transform is creating an inccorrect channel mask on surfaces in 2D image
13950 FileConverter can not convert files if the absolute filepath is too long
13960 CSV versus XLS Statistic output does not match
13974 Statistics export between Surpass and Vantage do not match exactly in Imaris 10.2
13975 Private Wi-Fi Address function of macOS 10.1 Sequoia blocks license creation and usage
13982 Seed point diameter is significantly affects surface splitting with Pixel classification segmentation (morphological spilt)
13984 Channel shift changes voxel size to 1 x 1 x1 in Imaris 10.2
13987 No units displayed for some Surfaces - Overlapped Volume to Surfaces=Surfaces
13988 Time is not Exported on Untracked Batch Data Sets
13989 Statistics bar backwards for object statistics display
13990 Imaris 10.2 fatal crash using filaments in timelapse images - editing track tree
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