Imaris细胞生物学分析软件

Imaris细胞生物学分析软件包非常适合生命科学领域的众多研究人员，他们需要借助多种功能来深入探究细胞和生物体的奥秘。除了Imaris久经考验的3D/4D可视化和分析工具外，该软件包还提供了智能细胞分割功能，支持逐个细胞的精细分析，助力发现细胞内复杂关系。此外，它还包括自动追踪、细胞分裂检测、创建交互式谱系树创建，并配备统计检验功能，以及与Matlab、Java或Python的双向接口，方便用户按需编写程序。

Automated detection of cells and organelles

Imaris for Cell Biologists provides multiple options to detect and model your biologically relevant structures via step-by-step wizards with a preview of the results at each point in the workflow.

表面分割

使用Imaris Surfaces，可轻松并精确可视化和测量：细胞器、细胞核、生物膜、细胞、组织、器官、胚胎以及类器官:

只对数据集的感兴趣区域做集中表征；
可处理高达数百GB大小的数据集，轻松可视化并精准计算（Imaris 9及以上版本提供该技术）；
作为一个模型，可从中计算出所有所需的数据统计数据；
能追踪随时间变化的位置、形状和强度等数据统计量。

点状信号分割

使用Imaris Spots轻松检测：颗粒、蛋白质聚集体、囊泡、核仁、细胞核、中心体、细胞和细菌。

对数据中的点状或囊泡状结构进行建模；
即使在包含数万或数十万个目标物体的图像中，也能精准识别目标；
计算每个目标物体的XYZ坐标，可测量与其他物体的相对距离；
能追踪随时间变化的运动轨迹（配备5种高性能运动算法）。

细胞结构分割

使用Imaris Cell，通过细胞质或质膜标记实现细胞的智能检测：细胞质、细胞核、核仁以及各类囊泡均可被检测及分析。

同时分割多个生物组分（例如基于膜或细胞质标记的细胞、细胞核、溶酶体、囊泡等）；
以细胞为单元进行图像分析（例如每个细胞中的囊泡数量、每个囊泡与细胞边界的距离等）；
测量囊泡或其他细胞器到细胞膜或细胞核边界的相对距离。

膜标记

使用Imaris Cell，轻松检测仅表面有荧光信号的对象（即仅细胞膜或细胞壁标记的细胞）。它能对紧密接触的细胞进行精确的形状建模，并报告诸如体积或表面积等测量值。

精确分割仅质膜、核膜或细胞壁染色的接触或稀疏的细胞等对象；
可利用2D切片器从各个方向检查分割质量；
仅计算指定感兴趣区域（整个数据集或子集）内的对象数量；
报告形态学测量值，如体积、边界框长度和球形度。

细胞追踪

Imaris for Cell Biologists is the most powerful commercial software for live cell tracking & analysis. It rises to the challenge of monitoring temporal changes in biological systems. Users have a choice of multiple sophisticated automatic tracking algorithms, manual tracking options as well as an intuitive and interactive track editing tool.

Tracking motion in 3D or 2D

可使用提供的算法之一自动追踪感兴趣的对象；
可追踪成千上万个对象和时间点；
可使用多种可视化选项，直观展示轨迹或位移；
可计算平均速度、瞬时速度和加速度等相关数据统计量；
支持手动创建和编辑轨迹，满足多样化分析需求。

追踪细胞分裂与谱系（细胞核标记）

可使用专门的谱系追踪算法，能够精准监测细胞分裂和细胞核变化；
可从单个祖细胞追踪到最终代，全面探索细胞命运；
可自动创建谱系树，支持手动编辑；
可用彩色标签标记选定的谱系树分支，并按谱系分析数据；
可自动计算细胞周期持续时间、代数、首次分裂的时间、上次分裂时间等关键参数。

追踪细胞分裂和谱系（膜标记）

可使用Maximum Overlap算法，能够有效追踪相互接触的膜标记的细胞；
可从单个祖细胞追踪到最终代，全面探索细胞命运；
可自动创建谱系树，支持手动编辑；
可用彩色标签标记选定的谱系树分支，并按谱系分析数据；
可自动计算细胞周期持续时间、代数、首次分裂的时间、上次分裂时间等关键参数。

Statistics and measurements

After segmenting the image data Imaris calculates a wide range of statistics for all detected objects: Cells, Surfaces and Spots. All values can be used for color coding, plotted inside Imaris (using Vantage plots) or exported in an .csv or .xls file format. Parameters presented below are the most common statistic types needed by biologists. Imaris reports many more.

运动分析